В университете обучается около шести тысяч студентов, слушателей, клинических ординаторов и аспирантов. Учебный процесс в ВГМУ осуществляется на семи факультетах: лечебном, стоматологическом, фармацевтическом, повышения квалификации и переподготовки кадров, подготовки иностранных граждан, довузовской подготовки, повышения квалификации и переподготовки кадров в области психологии и педагогики.

Пристальное внимание в университете уделяется повышению качества знаний студентов, переподготовке, повышению квалификации врачей и провизоров. В рамках практико-ориентированного обучения созданы лаборатории профессионального мастерства для углубленной подготовки студентов, учебный центр практической подготовки и симуляционного обучения, открыт учебно-научно-практический центр «Фармация». Впервые в Республике Беларусь по инициативе ректора создан медико-фармацевтический кластер — Союз медицинских, фармацевтических и научно-образовательных организаций «Медицина и фармацевтика — инновационные проекты», в состав которого, помимо университета, входит 10 компаний различных форм собственности. 1 августа 2016 г. создано обособленное подразделение «Центр трансфера медицинских и фармацевтических технологий». Клиническими базами университета являются большинство медицинских больниц и клиник г. Витебска. Для повышения качества образования созданы стоматологическая клиника, медицинский имитационный учебный центр, центр клинической медицины и лаборатория стандартизации и контроля качества лекарственных средств для применения знаний студентов на практике.

Лечебно-диагностическая работа профессорско-преподавательским составом ВГМУ осуществляется на клинических базах. С целью оптимизации специализированной медицинской помощи на базе трех клиник создано 8 научно-практических центров, которыми руководят профессора и доценты университета: «Инфекция в хирургии», «Хирургия заболеваний печени и поджелудочной железы», «Центр флебологии», «Хирургия тазового дна», «Колопроктологический центр», «Гемостазиология в кардиологии», гастроэнтерологический и офтальмологический центры.